安徽新华学院药物研究所成立于2012年11月，设所长1名，副所长1名，秘书1名，现有专兼职技术人员20名左右。药物研究所以药品及保健品研究与开发为主，下设药物制备研究室、原料药中试研究室、药物制剂研究室、药物分析研究室、医药学基础研究室、精密仪器室、中药标本与数字化研究室和药物研究所专用实验室。
主要研究方向有：
1.药物化学专业的研究方向有：药用天然活性成分研究；天然产物的结构修饰及合成研究；天然药物活性成分的研究；微波提取等。
2.药剂学专业的研究方向有：中西药物新制剂及应用基础；药物新剂型与新制剂；药物新剂型及其生物等效性评价；药物新剂型及生物等效性；药物稳定性；中西药物新剂型；新制剂研究。
3.生药学专业的研究方向有：药用植物的资源与开发研究；生药化学成分与质量研究等。
4.药物分析学专业的研究方向有：药物代谢及药物分析；药品质量控制方法研究；临床药物分析；仪器及药物分析。
5.药理学专业的研究方向有：心血管药理；化疗药理－感染免疫；实验药理学等。
6.保健品开发项目有：艾妮生肖保健香囊、威尼赛乐保健酒、天然油茶皂苷洗发香波等。
截止2013年，研究所研究人员主持厅级及以上科研项目7项，校级项目6项，挑战杯项目10项。随着药学院的逐步建设和发展，药物研究所将逐步构建以化学药和天然药物为主，兼顾药物保健品开发的发展方向，产生新的研究成果。
